저랑 같은 생각을 가진분이 계셨군요. 반갑습니다.
저는 포맷하기 전에 있던 게임에서 영웅전설4와 같은 알선소 시스템을 구현한바 있습니다만...
우선 자료 구조에대한 지식을 가지고 계시다면 얼마든지 만들수 있을겁니다.
저 같은 경우, 퀘스트 진행에 필요한 데이터들을 변수와 스위치로 컨트롤하며 커먼 이벤트를 자주 사용했는데요.
예를들자면 퀘스트 on/off를 인식하는 스위치와 퀘스트 절대번호, 퀘스트 묶음 번호(각 마을마다 다른 퀘스트를 위한것), 퀘스트 번호 스위치 on/off(각 퀘스트를 수행하면 다시 수행하지 못하게) 등등을 구현해서 사용했습니다.
★예제(퀘스트 on,퀘스트 번호:1(뱀사냥퀘스트),퀘스트 묶음:1,수행횟수:1,목표치:20,퀘스트1_1 on)
rpg메이커 툴 특성상 데이터가 추가되고 빠지고 하는것에 따라서 선택지를 자동으로 추가할수는 없으니 약간의 그래픽 작업이 필요합니다.
퀘스트 아이디어로는, 자주 사용되는 편지나 소포 전달에서 부터 몬스터 퇴치가 될수도 있고, 미니게임등을 이용한 아르바이트로도 만들 수 있을겁니다.
무한 rpg가 아닌이상, 알선소 시스템을 넣을거라면 각 마을당 다른 퀘스트를 넣을거라면 퀘스트 스위치가 그만큼 늘어나게 될 수 밖에 없습니다.

ps. 제 경우는 영웅전설4의 알선소 시스템처럼 몇가지 퀘스트 목록이 있고, 그 퀘스트를 선택할수 있는 방식입니다. 하나하나 넘어갈거라면 별다른 스위치나 변수가 필요없을거라 생각됩니다.

ps2. 수치에 따라서 컨트롤 하는 방법도 있긴합니다만.... 비추천입니다.
각 퀘스트를 수행하면 변수에 숫자를 더하고, 그 숫자가 얼마냐에따라서 퀘스트 상황을 인식하는것입니다.
퀘스트2개가 있다고치면, 퀘스트1을 수행하면 1이 더해지고, 퀘스트2를 수행하면 10이 더해진다고 할때, 퀘스트 수행번호가 1이라면 퀘스트1을 수행할수없고, 10이라면 퀘스트2가 수행할수없는거죠.
눈치채셨겠지만...
퀘스트수가 많아지면 많아질수록 이 방법은 표현하기가 힘들어집니다.
그냥 참고만 하시길...